Bei der Untersuchung des Geländes legen die Archäologen seit 2008 die mittelalterlichen Schichten frei. Dabei kamen unter der barocken Klosteranlage die Mauern des ersten Nonnenklosters in Paderborn zum Vorschein. Ab dem 13. Jahrhundert lebten hier Zisterzienserinnen in schlichten Fachwerkbauten mit Lehmfußboden. Die Objekte in der Ausstellung spiegeln den Lebensalltag im Kloster wider. Mit dem Bronzegriffel etwa beschrieben die Nonnen Wachstafeln, und ein Kamm diente zur Textilherstellung.

Außerdem entdeckte das Team der Stadtarchäologie die Fundamente zweier Öfen, dazu Werkabfälle wie Kupfererz, Fragmente von Wandputz und Gussreste aus Blei und Bronze – die Reste der Bauhütte für die um 1170/80 errichtete Gaukirche.